温度低下のせいと思っていましたが、原因は意外なところにありました。
ストーブのねじ込み不足でした。
ボンベにストーブをセットするときの締め付けが足りなくて、
きちんとガスが流れていないのが原因でした。
この原因だと詰め替えボンベじゃなくても火力低下の後、消火してしまいます。
いくら何でも、部屋の中で火力が著しく低下するのはおかしいと思ったんですよ。

締め込み過ぎはボンベ側ネジ山の破損に繋がりますが、締め込み不足も悪いんですね。

僕は大学時代に写真部の部室からかっぱらってきたEPIのBPストーブを使っていて、
これはキャンプ用ガスボンベを使うタイプのガスコンロです。
当然、EPIのガスカートリッジを使うことと指定されているのですが、これが結構高いので
僕は「つめかえ君」というアダプターを使ってカセットガスを詰め替えて使っています。

法律上の問題はさておき、これにはガスの質による火力低下の問題があります。
普通のカセットコンロでも、長時間使っていると火力が落ちますよね。あれです。

夏場は平気だったんですが、寒くなってきて、家で炊飯中に火力低下に見舞われました。
（僕はたまに家でもこのストーブを使ってご飯を炊くのです）

何か対策はないかと検索したんですが、これはしょうがないようです。
つめかえカートリッジは夏場のみの使用にするか、別売りのヒートエクスチェンジャーを
購入するかの対策が必要ですね。